Sydney ontwaakt uit een nachtmerrie waarin ze een engelachtige figuur ziet, en trekt vreemde buisjes uit haar mysterieuze litteken. Jack neemt drastische maatregelen om ervoor te zorgen dat de NSC nooit achter de waarheid komt over de door Sydney gepleegde moord op een Russische diplomaat. Ondertussen stemt Sydney in met een missie met Sloane om te voorkomen dat een besturingssysteem van een dodelijk wapen in verkeerde handen valt. Daarbij ontdekt ze een onwaarschijnlijke bondgenoot in de jacht op haar 'verloren' twee jaar.