만경은 배천수에게 백성과 조정을 위한다면 허준을 옥에 가두지 말아야 했다며 꼭 그래야 했느냐고 따진다. 배천수는 자신도 허준의 과거를 덮으려 했으나 내의원 제조인 이판 대감의 하명이 있어서 어쩔 수 없었다며 이미 엎질러진 물이라고 한다. 왕자들의 환후로 허준을 찾다가 허준이 옥에 갖힌 것을 안 공빈은 허준은 역병을 수습하고 왕자들의 환후를 살핀 공이 있어 희생되기는 아까운 인물이라며 선조에게 허준의 죄를 사해 달라고 아뢴다. 이에 선조는 허준의 죄는 인정하나 의술이 뛰어나고 그간의 공이 크니 허준을 사면하라는 어명을 내린다. 그러나, 허준의 사면 소식이 알려지자 죄의 진상을 가려야 한다는 상소가 빗발쳐 선조는 허준을 사면하려는 뜻을 굽히고 다시 허준을 포도청에서 의금부로 압송하는데...