Kirk, kommandierender Kapitän des Raumschiffes Farragut, wird zum Planeten Gateway gerufen, auf dem sich das bekannte Zeitportal (The City on the Edge of Forever) befindet. Dort erklärt Spock, dass die Zeitlinie geändert wurde: Nicht die Farragut, sondern die Enterprise sei Kirks Schiff, nicht der Klingone Kargh, sondern er sei der erste Offizier, und der Krieg des Jüngsten Gerichtes, ausgelöst durch eine Armada von Planeten-Killern (Doomsday Machines), sollte gar nicht stattfinden. Captain Kirk begibt sich also in die Vergangenheit, um die Zerstörung der Enterprise unter Captain Pike zu verhindern und die Zeitlinie wiederherzustellen. Doch vorher muss Captain Pike noch einen hohen Preis für den Kampf zahlen, er verliert seine Gesundheit, als er mit Delta-Strahlen kontaminiert wird.