A Enterprise descobre uma antiga nave, a SS Botany Bay, que escapou das Guerrras Eugênicas da Terra no final do século XX. Os passageiros geneticamente modificados, liderados pelo criminoso de guerra Khan Noonien Singh, tomam o controle da Enterprise. (Este episódio serve como pano de fundo para o filme Jornada nas Estrelas II: A Ira de Khan)