Een hele stad wordt verwoest door twee monsterlijke en almachtige wezens. Genzou Kuruma, een wetenschapper maar ook de leider van een sekte, wil God wakker maken, maar daarvoor heeft hij eerst een speciaal soort bloed nodig. Zijn zoon, Shinichi Kuruma, en een jong meisje, Ayaka Sanders, bezitten dat bloed, en hij zal alles doen om hen gevangen te nemen en hun bloed af te nemen voor Gods ontwaken, en zo zal de mensheid verloren gaan. Shinichi ontsnapt samen met Ayaka en Tomizoro (Tommy) aan Genzou Kuruma's 'New Humans' (genetisch veranderde mensen die in monsters kunnen veranderen), terwijl Shinichi alleen maar wraak wil nemen op zijn vader. Hij heeft, net als de andere 'New Humans', de kracht om verschillende beesten uit zijn lichaam op te roepen. Met deze kracht zal hij vechten totdat Genzou Kuruma door zijn eigen handen wordt gedood.