Un être interdimensionnel appelé Doomquest vient sur Terre pour essayer d'obtenir un puissant cristal de Lord Dregg. Les tortues découvrent que leurs mutations instables commencent à leur faire perdre leur intelligence lorsqu'elles se transforment en leurs nouvelles formes. Finalement, April parvient à révéler au monde entier les véritables intentions de Lord Dregg.