Basado en el libro de Nina Barbier, Les Malgré-elles, que relata la historia de su madre, Madres del Tercer Reich es una historia sobre la tragedia que vivieron muchas adolescentes francesas bajo la ocupación nazi. La película narra un episodio histórico a través de la amistad y el trágico destino de dos chicas alsacianas que fueron enviadas entre 1942 a 1945, a sustituir a hombres en las fábricas del régimen.